主线在 DOS 版、98 柔情篇和《新仙剑奇侠传》里是同一条。差别主要在开场梦境、部分迷宫，以及 2001 年多出来的隐藏结局。下面按游戏里玩家遇见事件的顺序写。
故事发生在架空的古代。中原有余杭、苏州、扬州、京城、蜀山。西南是苗疆：黑苗的南诏国，白苗的大理。
女娲在这个世界里造人、护人。中原已经不大记得她，苗疆还供奉。女娲后裔可以化成蛇身，也只有这一脉压得住某些上古魔兽。灵儿母女承担的就是这件事。
蜀山仙剑派是中原正道的领袖。锁妖塔是掌门镇着的独立空间，里面关着历代妖魔。塔底有七星盘龙柱。柱毁、塔塌之后，妖魔逃进人间，这是《仙剑二》天下大乱的直接原因。
五灵是水、火、雷、风、土，对应五颗灵珠。黑苗拜月教和白苗的女娲信仰敌对。干旱缺水，让两族的仗一打就是多年。
一代不写神魔之井，也不写飞蓬和重楼。
这段在本传后半，李逍遥进入火麒麟洞的祭坛，被送回十年前才亲眼看见。因果要先放在这里。
拜月教主是南诏大祭司。他名义上是巫王的臣子，实际控着朝堂。他用法力唤醒女娲封印的水魔兽。水魔兽是八头蛇，遇水则生，所到之处必发大水。苗疆洪水一来，他把灾源嫁祸给巫后林青儿，说她是妖。
巫王信了。公审、逼巫后现出蛇身。巫后让姥姥带走女儿赵灵儿。从未来回来的李逍遥插手：进地牢找到巫后，替她取回天蛇杖，和她一起跳进水里。
水底的水魔兽杀不死。走投无路时，巫后用风咒把逍遥送出水面，自己去和水魔兽同归于尽，把兽重新压住。拜月此后用人血祭兽的残骸，想把它再催活。
灵月宫主接走灵儿和姥姥，隐去仙灵岛。黑白苗从此成世仇。白苗记得巫后是自己的大祭司、女娲后裔。黑苗朝堂落在拜月手里。巫王本人后来也被拜月杀了。
逍遥在十年前的余杭用木剑，从小时候的自己手里换到水灵珠。这颗珠子是李三思从南诏带出来、落在幼年逍遥手上的。心愿了结，他才回到十年后。凤凰在危急时把他抓离南诏。石长老追击时被凤凰抓伤左眼。
《新仙剑》先做一场梦：逍遥御剑追进罗刹洞，不敌罗刹鬼婆，被婶婶一锅敲醒。DOS 版没有这段，直接从客栈开始。
三个黑苗人包下客栈，给的理由很客气，实际是来找灵儿。酒剑仙喝光桂花酒，欠下人情，约逍遥去十里坡山神庙。看完御剑，传他剑法抵账，却说没有师徒之缘，不收徒。
李大娘病重，大夫说难治。黑苗人谎称仙灵岛有仙药。逍遥让张四送他出海，按黑苗人说的击破六座石像，踏荷进岛，撞见正在沐浴的灵儿，藏起衣服，用仙丹做交换。姥姥认定姻缘，强行让二人拜堂。
逍遥带紫金丹回家。婶婶得救，他却忘掉仙灵岛上的一切。夜里黑苗人动手，从秘道救下被掳的灵儿时，他只觉得眼熟。打退苗人之后，灵儿求他回岛看姥姥。姥姥已伤重，把寻母的事托给他，然后去世。灵儿火化姥姥。邻里在码头送二人离开。
城外先碰上林月如。打过，吵过，又被她的人拦在城门。林天南设比武招亲，逍遥上台打败月如，被当成女婿。
灵儿放不下这件事，夜里现出蛇身，独自离开。月如跟逍遥去找她。
一路地名是隐龙窟、白河村、玉佛寺、黑水镇、乱葬岗、将军冢、血池、鬼阴山，然后到扬州。
月如借探亲进京。刘晋元重病，请的道士反而被妖精戏弄。府里的新媳妇彩依是蝶精。她给晋元喂药，晋元认定她要害自己。
逍遥和月如追她进蜘蛛林，才知道毒是蜘蛛精毒娘子下的。缠魂丝没有现成的解法。二人打不过本体，酒剑仙赶到，飞剑钉死毒娘子，雷灵珠到手。彩依把自己修了千年的内丹给晋元续十年寿命，变回蝴蝶离开。晋元不知道她是谁。
酒剑仙带二人乘酒葫芦上蜀山。
剑圣肯看在资质上收逍遥，逍遥挂心的是灵儿。玉佛珠里的小石头说明：剑圣把扬州的死人算成灵儿所为，又看见蛇身，已经把她关进锁妖塔，并认为塔中之物没有再放出来的可能。
逍遥宁可不要蜀山弟子的身份也要闯塔。酒剑仙这才认下徒弟，把雷灵珠给他，传酒神咒、醉仙望月步、仙风云体术。月如说生死相随。
塔从上往下打。第六层附近有死去的蜀山剑客（图鉴名剑老头），胜后得到七星剑，其女姜婉儿道谢。壶中的天鬼皇可以打，打赢能让他开路。沉思鬼问先迈哪只脚，要带书中仙去答。塔底，镇狱明王守着已经完全化蛇的灵儿。
逍遥记起仙灵岛，斩锁，和灵儿一起打明王。要离开这个独立空间，只能毁七星盘龙柱。七条神龙是风、土、毒、雷、冰、金、火。龙死，塔塌。月如为二人挡下巨石，天灵碎裂。灵儿重伤。妖魔从此失去锁妖塔的压制。
圣姑收治他们。救灵儿要凤凰蛋壳和麒麟角。
神木林里先打金翅凤凰，得到风灵珠。蛋被阿奴抢走。逍遥追下去摔下树，阿奴救他，拿蛋壳做条件，要他陪自己找水灵珠。树洞是木道人藏东西的地方，珠子不在。
出洞后可以用风灵珠吹开灵山东侧桃花林的雾。这段要在灵儿归队之前走，她入队之后桃源村就触发不了。
林子里的花妖，图鉴名叫牡丹精。玩家记得的「桃花妖」就是她：人躺在一朵大花里，风系，会狂风术，身上能偷天仙玉露。凤梨小妖打到一半会变成她。仙灵岛上另有一片桃树，那是灵儿出浴的林子，不是这只妖。
雾散后是桃源村。村民是桃树精，不欢迎外人。村长之女阿桃说，汉人宋贺文把木道人引进来，村长被掳走，对方要的是寿葫芦。宋贺文原是跟着药商进苗疆的伙计，逃黑苗杀戮时误入桃林，中了桃花瘴，阿桃救了他。村人送客前会灌失忆的仙水，阿桃把水换掉，他才记得回来找她，又被木道人利用。林子西头找到宋贺文，再往西打木道人（图鉴名木灵道士），救出村长，得到金罡珠。村长让宋贺文吃下一颗桃子。他化成桃树，村民也变回桃树，阿桃和他留在林里。井中的寿葫芦送给逍遥，佩着能在战斗里慢慢回体力和真气。
之后才到大理。火麒麟洞里，火眼麒麟留下火灵珠（火神珠），化回麒麟老人，拔下麒麟角。女娲神殿的神像前，巫后把逍遥送回十年前，也就是上一章那一段。他回来时，阿奴还跪在神像前。
蛋壳和麒麟角交给圣姑。灵儿产下女儿，取名李忆如。圣姑再要三十六只傀儡虫，说另一件事天机不可泄露。去试炼窟的路上盖罗娇误把逍遥当探子，打完阿奴赶来圆场，并加入队伍。虫够数之后，圣姑用它们保月如那一线生机。月如不是马上活着归队。结局才看见她。
回到大理时，黑白苗已经开打。灵儿在女娲神殿得到巫后遗留的天蛇杖、圣灵披风、圣灵珠，并被嘱咐化解两族的仇。
祭坛上五灵珠要放对位置：北火、东雷、中央水、西风、南土。灵儿求雨，旱象解除，两族停手。
拜月立刻放地魔兽来砸场。追进地洞，迷宫尽头是黑苗王宫。宝座上的巫王看见灵儿，以为巫后归来，话到相认，拜月带人出现。这个巫王是树精，一刀刺进灵儿背后。真巫王早已死了。
逍遥和阿奴烧掉树精。灵儿的伤奇迹般稳住，三人一起打倒拜月。拜月跳进水池，把身子交给水魔兽，兽再次醒来。洪水漫过南诏。
DOS 版和 98 柔情篇只有一个结局。
拜月与水魔兽合成的巨兽掀起洪水。灵儿披圣灵披风、持天蛇杖飞到空中，用全身灵力撞上去。白光之后，洪水退去，南诏只剩断壁。天蛇杖从空中落下，落在灵山之巅。灵儿没有回来。
逍遥和阿奴在灾后分手。风雪里，逍遥看见枯树下有人撑伞、抱着婴儿在等。那是被傀儡术暂留住的月如，和忆如。
《新仙剑奇侠传》保留这条结局，另外做了隐藏线。公开材料里比较稳的是林月如线：满足条件后，月如冰冷的身体会回暖。八年后逍遥已是蜀山掌门，回苏州时忆如和丫鬟假扮侠盗跑去隐龙窟，逍遥追去，遇见坐了八年牢、刚出来的姬三娘。网上还有「灵儿用水灵珠切断水元、拜月和水魔兽干涸而死、四人回余杭」的说法，和一代原案不是同一结局，写同人时不要把它当成正史。
| 灵珠 | 一代里怎么到手 |
|---|---|
| 土灵珠 | 将军冢血池，赤鬼王 |
| 雷灵珠 | 蜘蛛林，毒娘子。酒剑仙转交给逍遥，闯塔前由他装备 |
| 风灵珠 | 神木林，金翅凤凰。之后给阿奴用 |
| 火灵珠 | 火麒麟洞，麒麟所留 |
| 水灵珠 | 李三思从南诏带出，在幼年逍遥手里。十年前的逍遥用木剑换走 |
| 圣灵珠 | 五珠放对、灵儿在神殿继承巫后之后得到，和天蛇杖、圣灵披风是一套 |
只有继承了巫后力量的灵儿，才知道用五灵珠祈雨的咒。阿奴拿着水灵珠也求不来雨。
锁妖塔塌了，镇狱明王死了，妖魔重新祸害人间。逍遥做了蜀山掌门，道号一贫。忆如交给李大娘带。月如的傀儡虫失效后再次倒下，被送回圣姑处，靠逍遥采药维持，直到王小虎一行帮他拿到魔族的九转还魂珠，月如才真正复活。此时距灵儿之死约八年。
阿奴统合两族、创立巫月神教，是这一段时间里的事。一代游戏本体没有演完这些年。